大连海事局现有10个机关处室、3个处室办事机构和14个派出机构。

（一）机关处室：办公室、党群工作部、人事教育处、财务处、督察处、指挥中心、监管一处、监管二处、监管三处、规费征稽处。

（二）处室办事机构：船舶交通管理中心、政务中心、执法支队。

（三）派出机构：大港海事处、北良港海事处、大窑湾海事处、甘井子海事处、长兴岛海事处、和尚岛海事处、新港海事处、旅顺海事处、星海海事处、庄河海事处、普兰店海事处、长海海事处、黑嘴子海事处、瓦房店海事处。