按照作用水平，消毒剂可分为灭菌剂、高效消毒剂、中效消毒剂、低效消毒剂。

灭菌剂：可杀灭一切微生物其达到灭菌要求的制剂。如甲醛、过氧化氢、过氧乙酸。

高效消毒剂：指可杀灭一切细菌繁殖体（包括分枝杆菌）、病毒、真菌及其孢子等，对细菌芽孢也有一定杀灭作用，达到高水平消毒要求的制剂。如含氯消毒液、臭氧。

中效消毒剂：指仅可杀灭分枝杆菌、真菌、病毒及细菌繁殖体等微生物，达到消毒要求的制剂。如碘伏、乙醇、高锰酸钾。

低效消毒剂：指仅可杀灭细菌繁殖体和亲脂病毒，达到消毒要求的制剂。如苯扎氯铵、苯扎溴铵。