一般情况下，中性玻璃胶的防水效果比酸性玻璃胶要好，因为中性玻璃胶不会对周围环境和物质产生不利影响，而且它的粘度较高，能更好地填充物体表面的缝隙，从而达到更好的防水效果。

此外，中性玻璃胶不会产生氨气等刺激性气体，使用起来也更加安全可靠。总的来说，选择中性玻璃胶来进行防水处理是更为妥当的选择。但具体还要看使用场景和要求，有时酸性玻璃胶也可以适用于某些特殊场合。