一般来说，公司的利润是按照开票金额来计算的。在中国，开票金额通常指的是向客户收取的全部金额，包括税金和运费等，而合同金额可能只是商品或服务的原价，不包括税金和运费等。因此，在计算公司利润时，通常是以开票金额为基础，扣除成本、税金等费用后的净额作为利润。

具体来说，公司利润的计算公式如下：

利润 = 开票金额 - 总成本 - 税金

其中，总成本包括生产成本、人工成本、采购成本等与业务相关的所有成本。税金则是指企业应该缴纳的各种税费，如增值税、企业所得税等。

因此，在计算公司利润时，通常是以开票金额为基础，而不是合同金额。当然，具体情况可能会因公司而异，建议查阅公司财务报告或咨询财务人员以了解具体计算方式。