异辛烷和MTBE在多个方面存在显著的区别。

首先，从化学结构来看，异辛烷是丁烯和丁烷的反应产物，而MTBE则是甲醇和异丁烯的反应产物。这种不同的化学结构导致了它们在性质和应用上的不同。

其次，在汽油升级中，异辛烷和MTBE都是较为清洁的调油原料，具有低烯烃、低芳烃以及低苯的优势。然而，MTBE在辛烷值方面要高于异辛烷，这是其一个明显的优势。然而，MTBE也存在一个显著的劣势，即其氧含量较高，因此在汽油添加中的最大比例不能超过14%。

此外，从应用角度来看，工业异辛烷主要用于汽油调和，而MTBE除了可以用作汽油调和外，还可以用于生产MMA、叔丁醇、异丁烯，甚至医药级产品。

综上所述，异辛烷和MTBE在化学结构、性质和应用等方面都存在明显的区别。这些区别使得它们在不同的领域和场合中各有其独特的用途和价值。