武汉灵活就业退休后，档案处理有以下几种方式：

自行保管：对于自行缴纳社会保险的灵活就业人员，可以选择自行保管档案。在退休后，可以将档案保存在自己家中或其他安全的地方。

提交给当地社保局或人力资源社会保障局：准备好相关材料后，可以前往当地社保局或人力资源社会保障局提交申请。工作人员会对材料进行审核，审核通过后，申请人可以领取灵活就业退休档案。

请注意，具体的处理方式可能因个人情况和当地政策而有所不同。在处理档案时，建议咨询当地社保局或人力资源社会保障局的工作人员，以了解更详细的信息和要求。