要取消新农合自动扣款，可以前往当地的社保局或医保中心办理。需要携带身份证和医保卡，填写解除自动扣款的申请表，并进行确认。

也可以在新农合官方网站上下载解除自动扣款申请表，填写完毕后打印并签名，再将表格和相关证件邮寄给当地的社保局或医保中心。需注意的是，解除自动扣款后，需要自行缴纳新农合的医保费用，否则将影响到享受医疗保障的权益。