果蝇染色体是存在于果蝇体细胞中的长链状结构，由脱氧核糖核酸（DNA）和蛋白质组成。每条染色体携带许多基因，每个基因控制一个特定的性状。果蝇有四对染色体，其中三对为常染色体，决定了果蝇的性状；一对为性染色体，决定了果蝇的性别。

常染色体中的每对染色体包含两条形态大小相同、基因位点相同的同源染色体；而性染色体中只有雄蝇才有两条形态大小完全不同的性染色体，分别是X染色体和Y染色体；雌蝇只有两条形态大小相同的X染色体。