如果过道区域较大，且存在噪音干扰、隐私问题或风水问题，那么使用门进行隔断是一个不错的选择。它可以有效地将公共区域与私人区域分开，提高居住的舒适度和安全性。
如果过道区域较小，或者考虑到房屋的整体通风和采光问题，那么使用门隔断可能不是最佳选择。在这种情况下，保持过道的开放状态可以让空间更加通透，也有助于室内通风和采光。
综上所述，是否在自建房中间的过道使用门隔开要看具体情况。如果需要更好的隔音、隐私或风水效果，使用门进行隔断是合适的。但如果过道区域较小，或者考虑到通风和采光问题，保持开放状态可能更加合适。在做决定之前，最好咨询建筑师或室内设计师的意见，以确保做出的选择符合自建房的整体需求和设计风格。