厦门的农村职工是可以选择不缴存的住房公积金的。根据法律规定，为农村户籍的在职职工缴纳公积金并不是强制性规定，也就是说，这并非法律强制要求的做法。

但是，如果企业合法运营并且与员工之间存在劳动关系，那么单位应当按时足额地为员工缴存住房公积金，否则可能会面临法律责任。如果单位未按规定缴存公积金，员工可以向住房公积金管理中心进行投诉或举报。