如果在已进入服务区时错过了入口并从出口进入，一般不会被扣分，因为这不算违规驾驶。但是，如果在进入服务区之前已经有明确的指示牌提示应该从哪个入口进入，而车辆仍然错过了入口，那么根据交通管理规定，罚款或扣分是有可能的。因此，在驾驶时要格外注意道路指示牌和标识，避免出现这种情况。