医保账户余额负数通常情况下是发生在离职人员的医保账户上，且当地的医保个人账户划入资金为预划资金的情况下。

如果当地医保个人账户是按年度预划记入个账资金的，单位在为职工缴纳医保保费后，职工医保个人账户将预划记入参保当月至本年6月底的个账资金。