2006年在农村建房没有办理城乡规划许可证，现在不可以认定为违建。因为《城乡规划法》是在2008年1月1日实施的，该法也明确了建房前必须获得建设工程规划许可证或者乡村建设规划许可证。

根据法不溯及既往原则，《城乡规划法》不能规定2008年之前建造的房屋也必须获得建设工程规划许可证或乡村建设规划许可证，所以2008年之前就已经完成搭建、扩建或者扩建的房屋是不能轻易认定为违建的。