医院收取入院门槛费的合法性存在争议。在中国，医疗机构的收费项目和标准应该经过价格主管部门的审批和公示，并且应该在收费前向患者进行充分告知和解释，确保患者的知情权和选择权。

一些医院收取门槛费的理由包括：用于支付医疗设备、药品、医护人员的工资、维护医院的正常运营等成本。但是，如果门槛费过高，或者与实际服务内容不相符，就可能被认为是违法行为。

此外，一些医院可能会将门槛费作为一种“捆绑销售”的手段，强制患者在入院前缴纳一定金额的门槛费才能接受治疗，这种行为也被认为是违法的。因此，如果您遇到了类似的问题，可以向当地的价格主管部门进行投诉和举报，维护自己的合法权益。