新注册的拼多多网店进行一件代发的操作流程主要包括以下几个步骤：

1. **商品上架**：首先，使用上货软件将批发平台（如1688、多多、淘特等）或其他店铺的商品上传到自己的拼多多店铺。

2. **优化商品**：在上传商品后，需要对商品的主图、标题、价格、SKU（库存单位）和商品详情页进行编辑，并设置营销活动等。为了遵守平台规则，需要对商品的属性进行适当的修改，避免直接搬运他人的商品信息。

3. **对接供应链**：对于新手卖家来说，一件代发中最难的部分之一是对接供应链。需要找到愿意合作、提供电子面单和单独处理订单信息的供应商。

4. **发货**：在消费者下单后，商家需要联系供应商发货。如果店铺订单较少，可以考虑手动拍单，但需注意避免被判定为w货源，并处理好消费者隐私信息。

5. **售后处理**：店铺有了订单后，需要处理后续的物流和售后问题，以避免不必要的纠纷，影响店铺的权重和流量。

此外，为了简化流程，可以利用官方提供的工具进行选品铺货，这些工具可以帮助处理拍单、发货和售后等问题，使得商家能够更专注于店铺的运营和推广。

一件代发的方式对于新手卖家来说，成本和风险较低，但涉及到的细节较多，需要细心操作和注意。