二者的区别如下：

第一、 化学结构不一样：其中环糊精是多个分子以α-1,4-糖苷键首尾相连而成，在空间呈螺旋状结构；而羟丙基环糊精则是由7个葡萄糖单元构成，每个葡萄糖残基的2-，3-，6-位羟基中的氢原子可被羟丙基取代。

第二、 来源和用途不一样：其中环糊精是由淀粉通过酶促转化产生，广泛用于食品、制药、药物输送和化学工业,以及农业和环境工程；而羟丙基环糊精则主要在医药领域有多种应用。