对于40cm的棉花娃娃，通常会选择一个适合大小的纸箱进行包装和运输。一般来说，选择一个边长大约为50cm的正方形纸箱是比较合适的，这样可以保证娃娃在箱内有足够的空间，并且不会受到挤压或损坏。

同时，纸箱的高度也需要考虑到娃娃的头部和身体的高度，以确保娃娃在运输过程中不会受到任何损伤。因此，选择一个50cm×50cm×50cm的纸箱是比较合适的选择。