医保一档在深圳住院时，扣除个人账户的方式是先由患者缴纳部分医疗费用，剩余部分由医保基金支付，同时医保基金也会按照一定的比例把支付的部分从患者的个人账户中扣除。

具体扣除比例和金额计算标准可以参考当地医保政策。

需要注意的是，不同的医院和医生对待医保的态度和处理方式也不同，有些医生可能并不愿意使用医保，或者会因为医保报销额度不高而推荐一些不必要的检查和治疗。

因此，在使用医保进行住院治疗时，患者要选择正规的医院和医生，同时也要了解自己的权益和保险政策，以免落入不必要的经济负担。