根据常见的经停航班路线，菲律宾飞往厦门一般经过以下城市：

1. 首都马尼拉：菲律宾的首都，大多数国际航班从马尼拉起飞。乘客需要在马尼拉转机。

2. 香港：部分航班会在香港进行中转或停靠。

3. 台北：另一种常见的转机点是台北，乘客可以选择在台北转机，然后飞往厦门。

请注意，具体的航班路线可能因航空公司和日期而有所不同。乘客应在预订机票时仔细查看航班细节。