需要分居。

因为甲流是一种高度传染性的疾病，夫妻双方都患上甲流意味着存在相互传染的风险。

为了避免疾病的进一步传播，分居是必要的措施。

在分居期间，可以减少夫妻之间的接触，降低疾病传播的可能性，同时也有利于各自休息和康复。

此外，分居还可以保护其他家庭成员和社区的健康。

如果夫妻继续共同居住，可能会导致其他家庭成员或社区的人感染甲流，增加疫情的扩散风险。

在分居期间，夫妻可以采取一些措施来保持联系，例如通过电话、视频通话等方式进行沟通。

同时，也需要注意个人卫生习惯，如勤洗手、佩戴口罩等，以减少疾病传播的可能性。

在康复期间，可以遵循医生的建议进行治疗和休息，以尽快恢复健康。