根据我了解，杭州主城区和萧山区都属于杭州市辖区，因此小孩在萧山区上学对于居住在杭州主城区的集体户来说一般不会有太大的影响。

然而，如果您在萧山区购买的房产距离杭州主城区较远，孩子上下学可能需要较长的通勤时间，可能会对孩子的学习和生活造成一定程度的影响。此外，如果您购买的房产所在地的教育资源不如杭州主城区丰富，那么也可能会对孩子的教育产生一定的影响。

因此，您需要根据具体的购房位置和小孩就读学校等因素来权衡利弊，做出更加明智的决策。建议咨询当地的房产中介和教育机构，以便做出更加明智的决策。