内蒙古留抵退税申报流程如下：
1. 纳税人登录内蒙古电子税务局，选择“我要办税”，点击“税收减免”，选择“增值税留抵退税”。
2. 纳税人填写《退（抵）税申请表》，确认申请表填写正确后，点击“下一步”。
3. 纳税人上传附送资料，需上传《退（抵）税申请表》、营业执照和银行卡复印件，点击“下一步”。
4. 纳税人确认申请信息，系统将对纳税人填写的申请表和附送资料进行校验，若校验不通过的，需根据提示修改或完善相关信息。
5. 税务机关对纳税人的退税申请进行审核，如果审核通过，则将纳税人的退税申请提交国库办理退税手续；如果审核不通过，则将退税申请退回纳税人，并告知不通过的原因。