公司应向生产部跟单文员发出书面通知，说明其辞职的事实和时间，并在通知中表示感谢其为公司做出的贡献。通知应该在辞职人员和上级领导签字后，正式发放。同时，公司应该及时安排替补人员顶替该职位，确保生产部工作正常运转。