甲乙双方在签订合同时，建议使用黑色或蓝色的针管笔进行签字。这是因为这两种颜色的墨水在长时间保存后不易褪色，且不易被篡改，有助于确保合同的原始性和真实性。

同时，签字时最好选择中性笔或钢笔，因为它们的墨水干得较快，不易晕开，书写清晰，有助于提升合同的专业性和规范性。总之，选择适当的签字笔对于保障合同的有效性至关重要。