在双子岛的剧情中，玩家必须与地球基金会博士合作，调查似乎与神秘的超能力宝石和一位熟悉的反派人物有关的一系列事件。

玩家将探索新的区域和地图，遇到新的训练师和野生宝可梦，最终解决这个神秘的案件，同时获得重要的奖励和能力，为成为真正的训练师打下基础。