区别如下：

1、侵犯的部位不同。猫咪真菌感染主要侵犯腿部和尾部，而猫藓主要侵犯头部和腹部。

2、病程不一样。猫咪真菌感染的病程较短，一般是5天左右可以痊愈，而猫藓的病程较长，愈合性较差。