毕业生的报到证应该存放在人事档案中，并存入人才市场。毕业生报到证指的是应届毕业生在离校后的去向，如果毕业生找到工作单位，那么其报到证应该交给用人单位保管，如果没有找到就业单位，那么报到证应该和人事档案一起存放在人才市场。