不一定会在12点之前扣。

农商行e贷通的扣款时间是根据个人的还款日以及银行的工作时间来决定的。

因此，并不是一定会在12点之前扣款，有可能会在还款日当天的任意时间扣款。

为了避免被逾期罚款，建议借款人在还款日前提前预留足够的余额进行还款，以免因扣款失败或时间延误而产生不必要的损失。

此外，在申请贷款前也应当仔细阅读相关合同和条款，了解贷款的还款方式和注意事项，以避免出现不必要的错误和纠纷。