如果您的档案在机要邮寄过程中丢失，您可以采取以下措施：

立即联系机要局或快递公司：首先，您应该立即联系负责邮寄档案的机要局或快递公司，告知他们档案丢失的情况，并要求他们协助查找和解决问题。

报案并保留相关证据：如果确认档案已经丢失，您应该立即向当地公安机关报案，并保留好所有与邮寄档案相关的证据，如邮寄凭证、快递单号、收件人信息等。这些证据将有助于您后续的维权和补办档案。

咨询相关机构并补办档案：档案丢失后，您需要咨询相关机构（如学校、单位等）了解补办档案的具体流程和所需材料。通常情况下，您需要提供身份证明、学历证明、工作证明等材料，并按照相关要求填写申请表格。在补办档案时，您需要耐心和细心，确保所有材料的真实性和完整性。

加强档案保管和安全意识：为了避免类似事件再次发生，您需要加强档案保管和安全意识。建议您将档案存放在安全可靠的地方，如机要局、档案馆等，避免自行保管或委托不可靠的快递公司进行邮寄。同时，您也应该定期备份和更新档案，以确保档案的完整性和准确性。

总之，如果您的档案在机要邮寄过程中丢失，不要慌张，及时采取措施并与相关机构联系，尽快补办档案并加强档案保管和安全意识。