因为传统文化法需要将微生物分离出来进行培养，操作时间较长且存在快速生长微生物被低速生长微生物所掩盖的缺陷；生化法对微生物的特异代谢过程进行检测，其操作简便、灵敏度高但需要标准菌株的支持；免疫学法依赖于对微生物的免疫识别，可以快速检测出微生物，但存在交叉反应或假阳性的可能；分子生物学法则通过病原微生物DNA或RNA的检测来确立其存在，具有灵敏度高、特异性强、操作简便等优点。
随着科技的迅速发展，人们对微生物分析的需求越来越高，传统方法已不能满足需要，新的技术也在不断涌现，如纳米技术、光学检测技术等，在微生物分析中的应用将更为广泛。