有案底。

因为做笔录按手印是一种公证行为，需要到公证处进行，公证处会将该笔录按手印的记录保存在公证处的档案中，作为该笔录的证明和保障。

同时，国家法律规定，公证机关应当按照规定对已办理的公证事项保管档案，时间一般为20年或以上，所以做笔录按手印是有案底的。

此外，做笔录按手印是一种法律行为，具有法律效力。

如果涉及到仲裁或诉讼，公证处可以作为证据出庭，起到保护当事人合法权益的作用。