补交社保的费用是根据个人的实际缴纳基数和缴费比例来计算的，具体扣费方式如下：

1. 首先确定个人的实际缴纳基数：根据补交的社保月份来确定个人当月的实际缴纳基数，一般是按照最近一个月的工资作为基数。

2. 再确定个人的缴费比例：根据所在地区和个人的社保政策来确定缴费比例，比如养老保险一般是按照工资的一定比例来缴纳，医疗保险一般是按照工资的一定比例来缴纳。

3. 使用公式计算应缴纳的社保费用：根据个人的实际缴纳基数和缴费比例，使用相应的公式计算应缴纳的社保费用。比如养老保险的缴费金额等于个人的实际缴纳基数乘以养老保险的缴费比例。

4. 从个人工资中扣除：社保费用一般是从个人的工资中扣除的，即由个人自己支付。

需要注意的是，补交社保的费用一般是先由个人垫付，然后再进行报销或者从个人工资中扣除。具体的操作流程和政策规定可能因地区和个人情况而有所不同，建议咨询所在地社保部门或单位人事部门了解相关政策和操作流程。