自然侵蚀和维护困难：徽派建筑多为砖木结构，受江南温和湿润气候影响，雨水多、湿气重，特别适合白蚁生长繁殖。这导致房屋渗漏、木构件发霉腐烂等现象普遍，白蚁防治的压力和难度大1。

经费困难：皖南部分县区由于没有工业支持，有限的财政收入难以支撑古建筑保护的巨额维护费用。即使引入社会组织参与运作，还涉及法律障碍2。

保护意识薄弱：随着经济迅猛发展和城镇化的快速蓬勃，人们对徽派建筑的保护意识不强