雀巢能恩全护港版和国产版在以下方面可能存在区别：

- 奶源地不同：雀巢能恩全护港版的奶源地可能来自欧洲或者新西兰等地，而国产版的奶源地则来自中国。

- 配方不同：雀巢能恩全护港版和国产版的配方可能存在差异，以适应当地的消费需求和食品安全标准。

- 包装不同：雀巢能恩全护港版和国产版的包装可能存在差异，包括文字、图案、颜色等。

需要注意的是，虽然雀巢能恩全护港版和国产版存在一些区别，但它们的品质和安全性都是有保障的。在选择时，消费者可以根据自己的需求和喜好进行选择。