如果科三模拟考试扣除了1000多分，那么可能是因为考生犯了多次重大错误。科三考试中，每犯一次重大错误会扣除100分，因此考生如果连续犯了10次重大错误，就会扣除1000分以上，这种情况下，考试成绩就会非常低。

另外，考生如果在考试中严重违反规定、作弊或其他行为不端的情况下，也会被判定为不及格，成绩为零分或扣除一定的分数。所以，考生在考试中一定要认真规范，遵守考试规定，否则可能会导致考试成绩不理想。