农民工保证金没交办了开工许可证，以及遇到恶意欠薪五个多月的问题，您可以向以下部门反映和投诉：

1. 劳动保障监察部门：这是负责处理拖欠工资、违反劳动保障法规等问题的部门。您可以向当地劳动保障监察大队提交投诉材料，包括欠薪证据、合同、工资条等。劳动保障监察大队会在 7 个工作日内答复您是否立案。

2. 工程建设领域相关部门：如果您是在工程建设项目中工作，可以向该项目的建设单位、监理单位或者工程所在地的建设主管部门反映问题。

3. 工会：您可以加入工会或者寻求工会的帮助，工会会维护您的合法权益，为您争取应有的工资待遇。

4. 法律援助机构：在遇到欠薪问题时，您可以向法律援助机构申请法律援助，他们可以为您提供免费的法律咨询和代理服务。

5. 政府服务热线：您可以拨打政府服务热线 12345，反映您的问题，政府工作人员会根据您的问题，为您提供相应的帮助和指导。

总之，在遇到农民工保证金没交办了开工许可证和恶意欠薪五个多月的问题时，您可以向多个部门反映和投诉，争取自己的合法权益。同时，也要注意收集相关证据，以便在维权过程中能更好地证明自己的权益。