本质区别就是签发机构不一样。

港澳通行证是大陆公安部门颁布的，可以供大陆居民往来港澳的证件，里面含有持有人身份信息。香港身份证是香港户政部门颁布的含持有人身份信息的证明，跟内地身份证差不多。