企业查出重大隐患后应采取以下措施进行处理：

1. 制定整改方案：企业应根据隐患的具体情况，制定可行的整改方案，明确整改措施、责任人员、整改时间等。

2. 立即整改：对于能够立即整改的隐患，企业应立即采取措施进行整改，避免隐患进一步扩大。

3. 限期整改：对于不能立即整改的隐患，企业应制定整改计划，并在规定的时间内完成整改。

4. 加强监控：在整改期间，企业应加强对隐患的监控，确保隐患不会再次发生。

5. 加强培训：企业应对员工进行培训，提高员工的安全意识和隐患排查能力，避免再次发生类似的隐患。

6. 及时报告：企业应及时向有关部门报告重大隐患的情况，并接受有关部门的指导和监督。

总之，企业查出重大隐患后，应高度重视，采取有效措施进行整改，并加强监控和培训，确保隐患得到彻底消除。