应届毕业生香港工作签证不会影响在北京落户。北京落户政策中明确规定了应届毕业生在北京落户的条件和要求，其中包括了在京用人单位签订三方协议、中央单位接受函调等条件。而香港工作签证与北京落户政策是没有关联的，因此不会影响在北京落户的申请。

需要注意的是，具体政策可能会因时代和政治环境而有所不同，因此建议您在申请前仔细了解当期的政策和规定。如果您有任何疑问或需要进一步的帮助，建议您咨询当地的移民局或相关部门。