区别在于形态特征、产地、作用等。

形态特征：新疆棉是长绒棉品质优良，其纤维柔长；而普通棉花，纤维白色或白中带黄。

产地：新疆长绒棉，产于新疆各地，是我国长绒棉第一产区；普通棉花产区为江淮平原、江汉平原等地。作用：新疆棉透气性好，保暖效果好；普通棉花吸湿性较强，而且染色性比较好，易于上色。