是的，京港澳高速北京检查站会拍违章。

因为京港澳高速北京检查站是执勤和巡查的重要路段，为了保障道路安全和交通秩序，该检查站会通过安装设备、巡逻等多种方式查处违章行为，并对违规车辆进行处罚。

此外，在其他高速公路上也普遍存在拍照违章的情况，因此机动车驾驶人应严格遵守交通法规，保证自身安全和路面交通秩序。