系统U盘自动激活和永久激活的主要区别在于激活的方式和持续时间。

自动激活是指在安装操作系统时，通过内置的密钥或激活工具自动完成激活过程，无需手动输入密钥或进行其他设置。自动激活的好处是方便快捷，适用于一些简单的系统安装情况。然而，自动激活的缺点是可能不是永久激活，而是有时间限制或只能在一定时间内激活。此外，自动激活的系统可能包含更多的软件和广告，因为它们通常是由系统安装商提供的。

相比之下，永久激活是指通过输入正版密钥或使用激活工具，手动完成激活过程，从而获得永久有效的许可证。永久激活的好处是稳定可靠，因为它是基于正版授权的。此外，永久激活的系统通常比较纯净，不会包含不必要的软件和广告。然而，永久激活的缺点是需要手动操作，适用于一些需要更多定制和高级功能的系统安装情况。

因此，对于一般的用户来说，如果只需要简单的系统安装，可以选择自动激活的系统U盘；而对于一些需要更多高级功能和定制的用户，建议选择永久激活的系统U盘以确保稳定可靠的使用体验。