港澳通行证探亲签注中三个月多次与一年多次区别在于签注的时间期限和逗留时长。三个月多次是指签注到三个月内可以多次往返港澳探亲,逗留时长根据探亲不同的人而不同:探兄弟姐妹、外祖父母、孙女可逗留14天,探配偶、父母或配偶的父母可逗留90天;而一年多次在指在一年内可以多次往返港澳,探亲逗留时长为90天。