安全是一样的。

飞机航行的安全，取决于很多条件，比如飞机本身的技术质量、飞行机组的操作水平、飞行时段的气象条件、机场的起降条件等，还有是否遭遇意外的军事袭击或劫机等。

至于直飞或经停，只是多了起飞和降落，对飞行安全不会有什么影响。不然，航空公司就不会安排经停了。