截至2022年，南京南站设有15座站台，其中侧式站台2座，岛式站台13座，共28个站台面，28条股道，包括6条正线在内全部为到发线。南京南站共有三个站场，并分别设了三个不同信号楼，其中1～10站台及站线为京沪场，引入京沪高速铁路；11～22站台及站线为宁杭、宁蓉场，东侧引出宁杭高速铁路，西侧引出宁蓉铁路，其中21和22站台也供仙宁铁路（沪宁城际铁路连接南京南站的联络线）的跨线列车停靠；23～28站台及站线为宁安场，西侧引出宁安高速铁路，东侧引出仙宁铁路至仙林站连接沪宁城际铁路。[1]未来将引入沪蓉沿江高速铁路（在建）、江苏南沿江城际铁路（规划）等线路。