首先，我们需要计算电机的功率。根据题目提供的信息，电机功率为3kW。

接下来，我们需要确定电机的工作电压和电流。题目中提到原车是60V的电池，因此电机的工作电压为60V。根据功率和电压的关系，我们可以计算出电机的工作电流为3kW / 60V = 50A。

最后，我们需要确定电机控制器的容量。通常情况下，控制器的容量应该略大于电机的工作电流，以确保电机可以正常工作并防止过载。因此，在这种情况下，可以选择一个60V的100A电机控制器来匹配电机。

综上所述，一个60V 100A的电机控制器适合配合一个60V 100Ah的电池和3kW的电机。