根据大多数公司的规定，全休三个月包括住院时间在内，意味着员工需要在医生开具的三个月病假期内完成住院治疗并获得出院证明方可享受全薪福利。如果住院时间超过三个月，则公司有可能取消福利或者将其转为疾病补偿金。需要注意的是，不同公司的具体规定可能有差异，员工在提前咨询并清晰了解公司政策后才可做出决策。