团藏不帮木叶的原因可能有以下几点：

保存实力：团藏不想在木叶的面前暴露自己的实力。如果和佩恩战斗，团藏就必须火力全开，但他准备用写轮眼对付宇智波斑，不想浪费自己的写轮眼。

避免被排挤：团藏的写轮眼是从宇智波一族的尸体上移植的，如果被木叶的忍者看到，他们可能会怀疑宇智波灭门事件是团藏指示的，这样团藏会被村子排挤，甚至被纲手驱逐出木叶。

独揽大权：团藏想让三代的亲信在战斗中死亡，然后出手坐收渔翁之利，独揽木叶大权。

与大蛇丸勾结：团藏与大蛇丸关系密切，大蛇丸多次潜逃回木叶作乱，团藏在暗地顺水推舟。大蛇丸给团藏提供柱间细胞和写轮眼，团藏则帮助大蛇丸获得佐助。