国家教育行政学院隶属于教育部，编制为正司级。 由于历史的原因以及国家重视教育干部培训工作，通常由教育部党组成员（副省部级）兼任院长。

国家教育行政学院直属于中华人民共和国教育部，是教育培训全国各级各类学校领导干部和教育行政部门领导干部的最高学府，是教育系统干部锻炼党性的熔炉和学习马克思列宁主义、毛泽东思想、邓小平理论、“三个代表”重要思想、科学发展观、习近平新时代中国特色社会主义思想的重要阵地，是教育科学研究和教育决策咨询的重要机构，是党和国家干部教育培训体系的重要组成部分。