三层别墅带循环水燃气热水器安装在第二层或第三层比较合适。这是因为热水器需要连通供水管道和排水管道，并且需要连接燃气管道。因此，将热水器安装在楼下可能造成管道连接不易，且燃气泄漏等问题。

而将热水器安装在顶层可能会对楼下的房间水压造成影响。

因此，选择第二层或第三层是一个较为合适的选择，不仅方便连接管道和安全使用，也不会对水压造成影响。